singlecellmultiomics package¶
Subpackages¶
- singlecellmultiomics.alleleTools package
- singlecellmultiomics.bamProcessing package
- Submodules
- singlecellmultiomics.bamProcessing.alignment_view module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamDuprate module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamExtractRandomPrimerStats module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamFeatureDensityVisualisation module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamFilter module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamFunctions module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamMappingRate module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamPlateVisualisation module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamPlotRTstats module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamTabulator module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamToCountTable module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamToMethylationAndCopyNumber module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.bamToRNACounts module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.structureTensor module
- singlecellmultiomics.bamProcessing.variantStats module
- Module contents
- singlecellmultiomics.barcodeFileParser package
- singlecellmultiomics.countTableProcessing package
- singlecellmultiomics.fastaProcessing package
- singlecellmultiomics.fastqProcessing package
- singlecellmultiomics.features package
- singlecellmultiomics.fragment package
- singlecellmultiomics.libraryDetection package
- singlecellmultiomics.libraryProcessing package
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer package
- Subpackages
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules package
- Submodules
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.BULK_ILLUMINA module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.CELSeq1 module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.CELSeq2 module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.Hexamer module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.MSPJI module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.NLAIII module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.restrictionbisulfite module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.scCHIC module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules.scartrace module
- Module contents
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexModules package
- Submodules
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.baseDemultiplexMethods module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexedFastqConversion module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demultiplexingStrategyLoader module
- singlecellmultiomics.modularDemultiplexer.demux module
- Module contents
- Subpackages
- singlecellmultiomics.molecule package
- Submodules
- singlecellmultiomics.molecule.chic module
- singlecellmultiomics.molecule.consensus module
- singlecellmultiomics.molecule.featureannotatedmolecule module
- singlecellmultiomics.molecule.filter module
- singlecellmultiomics.molecule.fourthiouridine module
- singlecellmultiomics.molecule.iterator module
- singlecellmultiomics.molecule.molecule module
- singlecellmultiomics.molecule.nlaIII module
- singlecellmultiomics.molecule.rna module
- singlecellmultiomics.molecule.taps module
- Module contents
- singlecellmultiomics.pyutils package
- singlecellmultiomics.statistic package
- Submodules
- singlecellmultiomics.statistic.allele module
- singlecellmultiomics.statistic.cellreadcount module
- singlecellmultiomics.statistic.conversions module
- singlecellmultiomics.statistic.datatype module
- singlecellmultiomics.statistic.fragmentsize module
- singlecellmultiomics.statistic.mappingquality module
- singlecellmultiomics.statistic.methylation module
- singlecellmultiomics.statistic.oversequencing module
- singlecellmultiomics.statistic.plate module
- singlecellmultiomics.statistic.readcount module
- singlecellmultiomics.statistic.rejectionreasons module
- singlecellmultiomics.statistic.scchicligation module
- singlecellmultiomics.statistic.statistic module
- singlecellmultiomics.statistic.tag module
- singlecellmultiomics.statistic.trimming module
- Module contents
- singlecellmultiomics.tags package
- singlecellmultiomics.tagtools package
- singlecellmultiomics.universalBamTagger package
- Submodules
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.4SUtagger module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.bamtagmultiome module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.customreads module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.digest module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.mspjI module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.nlaIII module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.rna module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.scar module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.scchic module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.tag module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.taps module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.tapsTabulator module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.tapsTagger module
- singlecellmultiomics.universalBamTagger.universalBamTagger module
- Module contents
- singlecellmultiomics.utils package